Die Melon de Bourgogne hat eine bewegte Geschichte. Ursprünglich aus dem Burgund stammend (daher der Namenszusatz "de Bourgogne"), fand sie im 18. Jahrhundert ihren Weg an die Loire. Ein verheerender Frost im Jahr 1709, der viele der etablierten Rebsorten vernichtete, führte dazu, dass die frostresistente Melon de Bourgogne als Ersatz massiv angepflanzt wurde.
Genetisch ist sie eine Kreuzung aus Pinot Noir und Gouais Blanc, einer alten, fast ausgestorbenen Rebsorte, die als Elternteil vieler europäischer Reben gilt. Trotz ihres Namens hat sie keine direkte Verwandtschaft mit Melonenfrüchten, sondern bezieht sich wohl auf die Form der Blätter.